Ilościowo małe i niepozorne o organizmy, takie jak mikroflora glebowa i owady, tworzą większość różnorodności biologicznej. Jej ochrona powinna uwzględniać wszystkie poziomy różnorodności biologicznej, a nie skupiać się wyłącznie na poszczególnych gatunkach.

Produkcja roślinna prowadzona jest w środowisku zamieszkałym przez liczne oraz różnorodne organizmy i – z zasady – modyfikuje ich liczebność (czy to przez zabiegi ochrony roślin, redukujące liczbę szkodników lub chwastów, czy przez zajęcie dużego obszaru jednym gatunkiem rośliny uprawnej). Rolnictwo – choćby przez swoją skalę – ma duży wpływ na różnorodność biologiczną (bioróżnorodność) terenów rolniczych i przylegających do nich.

Zachowanie bioróżnorodności i tym samym utrzymanie ekologicznych funkcji i procesów jest kluczowe dla rolnictwa i ekosystemów rolniczych, ponieważ zapewnia:

• utrzymanie struktury i żyzności gleby,
• zapylanie upraw,
• obieg składników pokarmowych,
• kontrolę przepływu i dystrybucji wody,
• naturalne mechanizmy kontroli szkodników.

Wszystkie te procesy są utrzymywane dzięki skomplikowanym interakcjom pomiędzy licznymi organizmami (w tym mikroflory gleby, owadów, bakterii, roślin i grzybów) oraz ich interakcjom z różnymi czynnikami abiotycznymi (takimi jak oświetlenie, temperatura, opady i fizyko-chemiczne właściwości gleby).

Utrzymanie bioróżnorodności jest niezbędne do utrzymania ekologicznych funkcji, które zapewniają żyzność i produktywność ekosystemów rolnych.